生物工程学院现设有化工生物技术、药品生产技术、园林技术、食品营养与检测4个专业，其中化工生物技术和药品生产技术专业为国家级骨干专业、山东省高等职业教育高水平专业群核心专业；园林技术专业为中央财政支持的国家级重点建设专业。拥有全国生物技术及应用专业骨干教师师资培训基地、黄河三角洲生物工程技术研发中心（国家级协同创新中心）、山东省现代农业技术培训基地、滨州市农业生物工程重点实验室等。

学院现有教职工58人，其中教授6人、副教授20人，讲师8人，教师中博士12人、硕士30人，具有丰富的生产实践和教学经验的“双师型”教师22人，聘请企业兼职教师52人。拥有化工生物技术专业、园林技术专业和药品生产技术专业三个省级教学团队，1个省级黄大年式教学团队——农业生物技术教学团队，1个滨州市优秀创新团队。2名省级教学名师，2名省级技能名师，3名滨州市有突出贡献的中青年专家，1名滨州市优秀教师。

学院现有实验实训室2800平方米，建有植物组培中心、发酵实训室、啤酒发酵实训室、生物分离提取实训室、生物制药实训室、产品分析检验实验室等15个，仪器设备总值1000多万元，拥有滨州绿都生物技术有限公司，鲁南制药有限公司，新发药业有限公司，中裕食品有限公司，金朗生物科技有限公司，山东天泽源生物科技有限公司，沃华医药科技股份有限公司，新华（寿光）制药有限公司，罗欣药业有限公司，山东鑫诚现代农业科技有限公司，威海园林建设集团等校外实训基地46家。

已建成国家精品课程2门、国家级精品资源共享课程2门、省级精品课程6门、院级精品课程10门，教师主编“十二五”国家规划教材2部。参与国家自然科学基金项目和“863”项目各1项，主持市级以上科研项目22项，各项专利12个，在各类专业学术和教育期刊发表论文855篇，获市级以上科研、教学成果奖28项，其中，山东省高等教育教学成果奖一等奖1项、二等奖1项，山东省高校科学技术奖一等奖3项。主持化工生物技术专业山东省职业教育专业教学资源库建设。

师生参加各类技能大赛均取得优异成绩，教师获国家级信息化教学比赛二、三等奖各2项，山东省微课、信息化教学比赛一等奖1项，二、三等奖各3项，山东省高职院校辅导员职业能力大赛一等奖1项，山东省科技创新大赛一等奖1项。学生获全国、全省职业技能大赛高职组一等奖5项、二等奖10项、三等奖14项。植物组培科技社和酶科学社团被评为省级优秀社团，多人被评为省级优秀社团团长；我院被多次授予山东省大中专学生志愿者暑期文化科技卫生“三下乡”社会实践活动先进集体。